个进攻方案：寻找敌人与之交战；或者按照堂加西亚的建议，“不去主动求战，而是让敌人来找我们，并抓住每一次机遇迫使敌人这么做”。
毫不奇怪，会上大家又产生了分歧。教皇国舰队和威尼斯人主张立即进攻；多里亚和西班牙舰队主张小心谨慎。堂胡安直言不讳地宣布，他打算发动进攻，决战决胜；这个提议在投票中得到一致通过。事后看来，这场战斗的胜利有些侥幸。奥斯曼人太大意了，他们被以前的胜利冲昏了头脑。让所有人都没想到的是，基督徒成功地集结了一支庞大的舰队。
为了鼓舞士气，表示绝不退缩的决心。堂胡安还当众宣示众人，如果西班牙舰队不肯参战，他将率领教皇国和威尼斯舰队单独行动。几十年来，基督世界不断战败的刺激、教皇在宗教方面的巨大期待、欢呼的群众、招展的旗帜和庆祝活动、堂胡安闯劲十足的宣示，都推动了远征继续进行。正如当时的一位观察者所说，所有人“就像毒蛇被魔咒迷住一样”。在其他人的无声压力下，多里亚和雷克森斯也投票主张积极行动。
“并不是所有人都心甘情愿地同意作战，但都因为畏惧耻辱而被迫做出了这样的选择，”萨伏依舰队的司令官在他的日记里如此写道。
分歧无处不在，包括副司令多里亚仍然记着腓力二世的御旨，希望能够避免作战。会议决定，抵达科孚岛后再确定最终的目标。现在还有时间来阻止寻求交战的冲动，但舰队在墨西拿以东继续前进，使得堂胡安亲王的决策越来越难推翻。大军群情激昂。
可靠的情报是至关重要的。堂胡安派遣马耳他骑士希尔·德·安德拉达率领4艘快速帆船作为前驱和侦察部队，搜集情报。三天后，安德拉达带回了令人担忧的消息：土耳其人进攻了科孚岛，然后又返回了普雷韦扎。
大家都很担心，奥斯曼舰队或许正在分散，准备过冬。那天夜里，整个舰队的全体官兵扫视着夜空和黑暗的大海，目睹了一个天体现象，士气大振。一颗极其耀眼的流星划过夜空，爆炸分裂为三团烈火，拖出长长的轨迹。大家认为这是个吉兆。
但是随后天气恶劣起来；一连几天，舰队在暴风骤雨中艰难行进，风雨遮蔽了海平线，令舰船举步维艰。不过好在安德拉达的情报是正确的：土耳其舰队在一场极其成功的战役后撤出了亚得里亚海。骄傲的土耳其人占领了一些重要的堡垒，夺得大批战利品。
土耳其人在科孚岛劫掠了十一天，但在神圣联盟离开墨西拿的时候撤退了，转向南方，前往位于位于科林斯湾入口处的勒班陀基地，在那里观察战局，并等待伊斯坦布尔的命令。到9月27日，基督教舰队已经在科孚岛港口下锚。现在是做最后决断的时候了。
寻找敌人交战，还是暂停行动。威尼斯人看到他们的科孚岛的惨状，心情更加阴沉。奥斯曼帝国陆军的某些部队因为不能攻克敌人的要塞，又为漫长的作战而恼火，进行了放纵的施暴，并亵渎破坏了基督教神龛，这让意大利人的圣战热情高涨起来。10月初，神圣联盟舰队抵达了希腊海岸的伊古迈尼察。堂胡安对舰队作了最后一次检阅和调整。
事后证明，正是这次调整，改变了战争的结局。堂胡安按照从大明学来的海军编制，将所有的舰队重新编组，并进行了精确的调动。每名船长都完全掌握了作战计划。堂胡安在舰队中穿过，仔细地查看舰船的状况。他经过的时候，士兵们鸣枪敬礼。10月6日黄昏时，天气转晴。当晚天气非常晴好。
“上帝给了我们晴朗的天空和平静的大海，在春季天气最好时也不曾有过这样的天空和大海，”基督徒们回忆道。
第二天，即10月7日（星期天）的凌晨2点，他们的舰队正驶向帕特雷湾。在勒班陀港内，船锚的铁链被叮当作响地收起；奥斯曼帝国战船一艘艘地穿
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